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Ubuntu10.10配置R环境的方法

时间:2021-04-10 来源:大神到 人气:

在Ubuntu10.10系统中,有的用户因工作需要得进行配置R环境,但还不清楚该如何配置。在这,小编就分享给大家配置R环境的方法。

方法如下:

向 /etc/apt/sources.list 中加入:

deb http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/linux/Ubuntu maverick/

Secure apt

The Ubuntu archives on CRAN are signed with the key of ;Michael Rutter ; with key ID E084DAB9. You can fetch this key with

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9

and then feed it to apt-key with

gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

安装完整的R system, 使用

sudo apt-get update

sudo apt-get install r-base

管理和维护R包

The R packages part of the Ubuntu r-base and r-recommended packages are installed into the directory /usr/lib/R/library.

The other r-cran-* packages shipped with Ubuntu are installed into the directory /usr/lib/R/site-library.

These can be updated using apt-get with

sudo apt-get update

sudo apt-get upgrade

整体分为三部分进行管理:

1. R本身 和一些库 用 apt-get 进行更新

2. 官方推荐包 默认存在于 /usr/lib/R/library 可用管理员权限下的 update.packages() 更新

3. 用户安装包 默认存在于 /usr/lib/R/site-library 可用管理员权限下的 update.packages() 更新

如果用非管理员的用户去装包, 会装到另外一个新文件夹中. 因为对以上目录没有写权限.

如果用非管理员权限装包, 会装到另外一个新文件夹中. 因为对以上目录没有写权限. 用管理员权限会默认装到 /usr/local/lib/R/site-library 里. 更新的时候亦然.

sudo gedit /etc/R/Rprofile.site # 修改默认CRAN镜像

手工安装依赖了特别库的包

安装程序包#39;Cairo#39;时退出狀態的值不为0

安装程序包#39;rgl#39;时退出狀態的值不为0

安装程序包#39;XML#39;时退出狀態的值不为0:

安装程序包#39;RCurl#39;时退出狀態的值不为0

安装程序包#39;cairoDevice#39;时退出狀態的值不为0

安装程序包#39;fftw#39;时退出狀態的值不为0

安装程序包#39;rcdd#39;时退出狀態的值不为0

安装程序包#39;rgdal#39;时退出狀態的值不为0

依赖rgl引起的:

installation of package #39;ks#39; had non-zero exit status

installation of package #39;feature#39; had non-zero exit status

installation of package #39;flowCore#39; had non-zero exit status

installation of package #39;flowViz#39; had non-zero exit status

安装Cairo:

sudo apt-get install libcairo2-dev libxt-dev

然后install.packages(;Cairo;)即可

安装cairoDevice:

sudo apt-get install r-cran-cairoDevice

安装rgl包:

sudo apt-get install r-cran-rgl

安装fftw包:

sudo apt-get install libfftw3-dev

然后install.packages(;fftw;)即可

安装rcdd包:

sudo apt-get install libgmp3-dev

然后install.packages(;rcdd;)即可

安装rgdal包:

sudo apt-get install libgdal-dev libproj-dev

然后install.packages(;rgdal;)即可

安装XML包:

sudo apt-get install libxml++2.6-dev

然后install.packages(;XML;)即可

装好以上就能装RCurl了, 初步猜测可能是依赖libxml导致的.

安装rimages包:

sudo apt-get install fftw-dev fftw2

然后install.packages(;rimage;)即可

安装RKWard daily版

sudo add-apt-repository ppa:rkward-devel/rkward-dailys

然后

sudo apt-get update

sudo apt-get install rkward

sudo apt-get dist-upgrade

即可安装RKWard daily版.

以上就是小编总结的配置R环境的方法了。有需要的友友们可以根据步骤好好地进行操作,光看不练是掌握不了方法的哦。

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